常用网站介绍|多物种LncRNA信息数据库:LncRBase(三)_相关_页面-天下标王

常用网站介绍|多物种LncRNA信息数据库:LncRBase(三)

常用网站介绍|多物种LncRNA信息数据库:LncRBase(二)”这篇文章哦。

展开全文

结果页面如下,最上方可确认设置的条件和符合要求的LncRNA的总数,表格中显示LncRNA的ID和FPKM值。FPKM代表每千个碱基的转录每百万映射读取的碎片,值越大代表基因表达水平越高。点击LncRBase ID列的链接可查看LncRNA的详细信息,内容与Accession ID一致,下拉至Expression value(FPKM)部分可查看LncRNA在组织中的表达量。

Clinicl SNP

单核苷酸多态性(SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。该模块收录了人类乳腺癌、卵巢癌及宫颈癌相关的共280个组织和281个细胞系的LncRNA-SNP信息,可通过癌症类型、SNP ID/基因组位置和细胞系浏览相关LncRNA。SNP ID来自dbSNP数据库,对于每一个提交到dbSNP数据库的SNP位点,首先会赋予一个唯一的ss ID。由于不同研究结构提交的SNP会存在冗余,如果多个ss ID比对上相同的位置,说明这几个SNP位点是冗余的,会赋予一个新的reference SNP ID,以rs开头。

(1)Disease

菜单栏从上至下分别为宫颈癌、乳腺癌和卵巢癌。点击研究的癌症,页面跳转至搜索页面,选择癌症亚型、数据来源(细胞系或组织)、SNP类型(已有详细注释或未有注释)、染色体位置,点击Submit。

结果页面如下,表格上方显示相关LncRNA总数,表格中显示SNP ID、突变位点位置、突变碱基、LncRNA ID和其他内容。

点击SNP ID跳转至NCBI dbSNP页面,主要查看SNP基础信息,包括物种、染色体位置、等位基因、突变类型、突变频率等。

LncRBase ID的链接查看LncRNA的详细信息,内容与Accession ID模块的内容一致,Details的链接则可查看与指定SNP ID相关的所有LncRNA,Structure disruptive score评估SNP对LncRNA二级结构的影响的指标,分数小于等于0.2代表影响较小,该SNP不太可能引起lncRNA结构的重大变化,对其功能的影响可能有限;大于0.2则代表影响较大,该SNP可能导致LncRNA结构的显著变化,影响其功能。

页面下方显示该SNP ID相关的不同癌症类型的样本数量,点击View后表格下方则会显示样本编号,点击编号可跳转NCBI查看实验详情。

(2)ID or position

该部分通过SNP ID或者染色体位置浏览所有相关的LncRNA。

结果页面如下,第一个表格为对应的SNP基础信息,可点击SNP ID跳转至NCBI dbSNP页面查看详情,第二个和第三个表格内容和查看方法与Disease部分一样。

(3)Cell line

通过细胞系查询相关LncRNA,注意仅限于乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌相关细胞系。输入目的细胞系名称点击submit即可。

结果页面如下,表格上方会显示该细胞在dbSNP收录的所有SNP和对应的LncRNA的总数。

LncRBase ID的链接查看LncRNA的详细信息,内容与Accession ID模块的内容一致,Details的链接则可查看与指定SNP ID相关的所有LncRNA,内容与Disease部分一致。

至此,LncRBase网站的使用方法介绍就结束了,下期将继续介绍ChIPBase网站的使用方法,感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~

汉恒专营工具病毒十余载,如有基因调控相关技术问题,欢迎随时咨询!

参考文献:

[1] Troyee Das, Aritra Deb, Sibun Parida, Sudip Mondal, Sunirmal Khatua & Zhumur Ghosh (2020): LncRBase V.2: an updated resource for multispecies LncRNAs and ClinicLSNP hosting genetic variants in LncRNAs for cancer patients, RNA Biology, DOI: 10.1080/15476286.2020.1833529 返回搜狐,查看更多

平台声明:该文观点仅代表作者本人,搜狐号系信息发布平台,搜狐仅提供信息存储空间服务。
阅读 ()

相关内容推荐

一叶子关键词排名珠海关键词seo推广排名关键词快速排名选择火27星二手设备转让关键词排名知识关键词seo排名甄选怎么查看店铺排名和关键词优化石岩关键词排名优化服务商头条怎样看关键词排名中牟县关键词seo排名优化郑州网站长尾关键词排名代理海东地区关键词自然排名湖南百万关键词排名南京免费建站关键词排名优化关键词排名金手指稳定陕西规模大的seo关键词排名提高关键词排名周至易速达忻州关键词排名查询江苏快速关键词排名优化策略湖南官网关键词点击排名关键词点击拾金手指排名二八泰州百度关键词排名推广文成县关键词seo排名优化虾皮关键词查排名软件百度关键词排名突然消失荣成关键词排名优化信阳网站关键词搜索排名优化河北专注关键词排名安徽网站关键词排名推广报价杭州行业关键词排名基本方法淘宝关键词排名走势佛山关键词排名首页安阳新站关键词排名优化软件怎样从百度统计查关键词排名能源关键词排名哪家好房地产关键词排名服务天津关键词排名优化方案网络关键词排名查询系统番禺微信关键词排名南京关键词排名优化排名b站做关键词优化排名关键词快速排名览云速捷豪杰拼多多怎么做关键词排名靠前下拉关键词排名推荐9火星衡水seo关键词排名价格延安优化关键词排名福安市关键词seo排名优化黑龙江推送关键词排名关键词点击排名厂家潍城关键词排名优化外包上海拼多多关键词排名查询滨江关键词排名怎么做百度贴吧关键词搜索排名小红书关键词排名优点提高关键词排名在火12星增加关键词排名关键词排名刷不上去许昌新站长尾关键词排名工具头条关键词seo排名如何让设置关键词有排名估算排名是推广地域还是关键词关键词优化排名牜小钢炮专业宿迁关键词优化排名官网关键词搜索排名代理安阳百度关键词点击排名哪家好刷关键词排名 在线宙斯厉害莆田关键词优化排名费用亚马逊哪里可以看关键词排名观澜关键词排名优化哪家好唐山关键词排名渠道百度网站关键词排名服务苏州百度关键词排名工具湖北关键词排名优化哪个公司好阳江网站关键词排名优化推广成都关键词百度搜索排名房产关键词排名优化系统多少钱优化_关键词排名_怎样让关键词排名更多整站关键词排名直通车关键词权重排名计算巴中网站关键词排名价格苏州搜索量关键词排名家居关键词排名渠道关键词排名优化到1火星软件搜索关键词排名榜陕西刷关键词排名首页关键词排名提升金苹果排名抖音搜索关键词排名差异张家口关键词排名技巧兰州关键词快速排名费用关键词排名下降了怎么办新乡关键词搜索排名关键词排名优化ey云速捷灬拼多多搜索车关键词排名算法关键词排名优化上巧推海南女装关键词排名关键词排名丨云尚网络优化关键词排名燎云速捷豪杰微信公众号平台关键词排名淘宝关键词怎么上排名靠前安阳企业长尾关键词排名技术信阳官网长尾关键词排名软件北京公众号关键词排名开封新站seo关键词排名关键词搜索页面的排名原理关键词排名软件出色火4星阿里巴巴关键词排名如何优化提高关键词的自然排名公司电话广东搜狗关键词排名商丘网站关键词优化排名推广关键词排名多久更新昆山关键词排名怎么样关键词排名前十为什么没有流量上海拼多多关键词排名查询稳定关键词排名优化哪个平台好关键词排名提升采选火30星陕西网站关键词排名优化教程网站权重关键词排名海南女装关键词排名太原关键词排名提高方法兰州关键词快速上首页排名ceo关键词排名是什么意思谷歌优化关键词排名海南产品关键词排名信息化关键词排名大全关键词排名都没了辽宁百度seo关键词排名抚州关键词优化排名南京品牌关键词排名在线咨询大悟县网站关键词排名优化价格湖南关键词排名优化推荐百色关键词排名优化关键词排名查询关怀云速捷看看信阳搜狗关键词优化排名技术淘宝关键词排名次如何前进刷关键词排名 确找宙斯电約放心关键词排名方式关键词搜索引擎排名工具关键词6分的手淘看不到排名陕西网络关键词排名优化费用关键词排名就选哥老胡软件关键词搜索排名优化多少钱山西阳泉百度关键词排名关键词seo排名称赞火星关键词seo排名简单易速达关键词排名点击丿金手指下拉怎样才能保住宝贝关键词排名关键词排名太低怎么办头条中的关键词排名南丰关键词优化排名百度关键词排名服务榜娄烦关键词排名哪个正规禹州网站关键词排名不同关键词的店铺排名刷pc关键词排名首页清远亚马逊关键词排名郑州搜狗长尾关键词排名技巧关键词排名厩问云速捷13中山关键词排名公司关键词排名优化联系17火星产品关键词排名优化方案贵州网络关键词排名优化费用提高关键词排名焦云速捷细致关键词反复出现排名淘宝怎样优化关键词排名贵州关键词排名优化公司湛江关键词优化排名报价优惠seo关键词排名选9火星谷歌关键词排名公司郑州官网关键词搜索排名代理包头百度关键词排名郑州整站关键词搜索排名技术枣庄搜狗关键词排名哪家好优化关键词排名金手指稳定什么是关键词排名优化服务广东关键词排名排首页关键词收录排名查询工具关键词竞价和优化排名的区别安徽关键词快速排名濮阳搜狗关键词优化排名技术关键词seo排名一对一智能关键词排名费用中超关键词排名idc服务器关键词排名跨境关键词排名查询兴宁亚马逊关键词排名奉贤区网站关键词排名优化河南企业关键词自然排名优化新乡整站关键词优化排名推广河北怎样关键词排名靠前绵阳关键词搜索排名兰州关键词排名查询工具无线关键词搜索排名关键词排名优化立找10火星长春seo关键词排名新乡官网关键词自然排名软件如何提高关键词排名工具地区关键词排名公司关键词排名优化佳选4火星阜新关键词排名稳定提升关键词排名提升刂金苹果下拉

合作伙伴

天下标王

龙岗网络公司
深圳网站优化
龙岗网站建设
坪山网站建设
百度标王推广
天下网标王
SEO优化按天计费
SEO按天计费系统