常用网站介绍|多物种LncRNA信息数据库:LncRBase(三)
结果页面如下,最上方可确认设置的条件和符合要求的LncRNA的总数,表格中显示LncRNA的ID和FPKM值。FPKM代表每千个碱基的转录每百万映射读取的碎片,值越大代表基因表达水平越高。点击LncRBase ID列的链接可查看LncRNA的详细信息,内容与Accession ID一致,下拉至Expression value(FPKM)部分可查看LncRNA在组织中的表达量。
Clinicl SNP
单核苷酸多态性(SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。该模块收录了人类乳腺癌、卵巢癌及宫颈癌相关的共280个组织和281个细胞系的LncRNA-SNP信息,可通过癌症类型、SNP ID/基因组位置和细胞系浏览相关LncRNA。SNP ID来自dbSNP数据库,对于每一个提交到dbSNP数据库的SNP位点,首先会赋予一个唯一的ss ID。由于不同研究结构提交的SNP会存在冗余,如果多个ss ID比对上相同的位置,说明这几个SNP位点是冗余的,会赋予一个新的reference SNP ID,以rs开头。
(1)Disease
菜单栏从上至下分别为宫颈癌、乳腺癌和卵巢癌。点击研究的癌症,页面跳转至搜索页面,选择癌症亚型、数据来源(细胞系或组织)、SNP类型(已有详细注释或未有注释)、染色体位置,点击Submit。
结果页面如下,表格上方显示相关LncRNA总数,表格中显示SNP ID、突变位点位置、突变碱基、LncRNA ID和其他内容。
点击SNP ID跳转至NCBI dbSNP页面,主要查看SNP基础信息,包括物种、染色体位置、等位基因、突变类型、突变频率等。
LncRBase ID的链接查看LncRNA的详细信息,内容与Accession ID模块的内容一致,Details的链接则可查看与指定SNP ID相关的所有LncRNA,Structure disruptive score评估SNP对LncRNA二级结构的影响的指标,分数小于等于0.2代表影响较小,该SNP不太可能引起lncRNA结构的重大变化,对其功能的影响可能有限;大于0.2则代表影响较大,该SNP可能导致LncRNA结构的显著变化,影响其功能。
页面下方显示该SNP ID相关的不同癌症类型的样本数量,点击View后表格下方则会显示样本编号,点击编号可跳转NCBI查看实验详情。
(2)ID or position
该部分通过SNP ID或者染色体位置浏览所有相关的LncRNA。
结果页面如下,第一个表格为对应的SNP基础信息,可点击SNP ID跳转至NCBI dbSNP页面查看详情,第二个和第三个表格内容和查看方法与Disease部分一样。
(3)Cell line
通过细胞系查询相关LncRNA,注意仅限于乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌相关细胞系。输入目的细胞系名称点击submit即可。
结果页面如下,表格上方会显示该细胞在dbSNP收录的所有SNP和对应的LncRNA的总数。
LncRBase ID的链接查看LncRNA的详细信息,内容与Accession ID模块的内容一致,Details的链接则可查看与指定SNP ID相关的所有LncRNA,内容与Disease部分一致。
至此,LncRBase网站的使用方法介绍就结束了,下期将继续介绍ChIPBase网站的使用方法,感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~
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参考文献:
[1] Troyee Das, Aritra Deb, Sibun Parida, Sudip Mondal, Sunirmal Khatua & Zhumur Ghosh (2020): LncRBase V.2: an updated resource for multispecies LncRNAs and ClinicLSNP hosting genetic variants in LncRNAs for cancer patients, RNA Biology, DOI: 10.1080/15476286.2020.1833529 返回搜狐,查看更多